Die Carl-Prüter-Schule ist in den Jahrgängen 5 bis 10 eine teilgebundene Ganztagsschule.
Ganztagsunterricht findet an den Wochentagen Dienstag, Mittwoch und Donnerstag bis maximal 15.30 Uhr statt. An diesen Tagen besteht die Möglichkeit, während einer Mittagspause in der Mensa eine warme Mahlzeit einzunehmen. An den Wochentagen Montag und Freitag endet der Unterricht um 13.10 Uhr. Der Ganztagesbetrieb dienstags und donnerstags ist verbindlich, der Mittwochnachmittag ist ergänzend frei wählbar.
Die Unterrichtszeiten sind auf der Seite Unterricht zu sehen.
Durch die Wahl eines Schwerpunktes in den Jahrgängen 5 -7 entscheiden sich die Schülerinnen und Schüler für ein dazugehöriges Ganztagesangebot, welches inhaltlich an den Schwerpunkt gekoppelt ist. Das Ganztagesangebot ist somit an die Klasse gebunden und kann sowohl vormittags als auch nachmittags stattfinden.
In den Jahrgängen 8-10 ist das Ganztagesangebot unter Aspekten der Berufsorientierung ausgestaltet. Jeder Jahrgang hat einen gemeinsamen Zeitpunkt zur Durchführung von Arbeitsgemeinschaften. Dieser kann sowohl vormittags als auch nachmittags gelegen sein.
Mittwochnachmittags findet ein freiwiliiges Angebot an Arbeitsgemeinschaften welches Schülerinnen und Schüler altersstufengemischt besuchen können. Während der Unterrichtszeiten darf das Schulgelände nicht verlassen werden.